Muzeja krājumā ir gandrīz 1 000 000 priekšmetu: arheoloģiskajos izrakumos iegūtas senlietas, rotu un monētu depozīti, tautastērpi, tradicionālie darbarīki, tautas lietišķās mākslas darinājumi, sadzīves priekšmeti, fotogrāfijas, dokumenti, kartes, gravīras, gleznas u.c. Latvijas vēstures liecības. Krājuma kolekcijas izvietotas divos departamentos un divās nodaļās.